기본적으로 컴퓨터 과학은 컴퓨터와 소프트웨어 시스템이 가지고 있는 이론과 방법을 다루지만, 소프트웨어 공학은 소프트웨어를 생산하는 실제적인 문제를 다룹니다. 물리학이 전자 공학자에게 기본적인 것 처럼, 컴퓨터 과학의 지식은 소프트웨어 엔지니어에게도 기본이 됩니다.
이상적으로 소프트웨어 공학의 모든 것이 컴퓨터 과학의 이론에 의해 토대가 마련되어야 하지만 실제로는 그렇지 않습니다. 소프트웨어 엔지니어는 소프트웨어를 개발하는데 임시방편을 자주 사용합니다. 컴퓨터 과학의 정연한 이론이 소프트웨어 제품에 필요한 복잡하고 실제적인 문제를 늘 적용될 수는 없다는 것입니다.
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